所有人類的靈魂都是海中一條巨大的魚，出生的時候從海的此岸出發，死的時候去到海的彼岸，之後變成一條沈睡的小魚，等待多年後再次出發。這趟旅程永遠不會結束，生命往復不息。住在「神之圍樓」中一位名叫椿的女孩，在十六歲生日那天化為一條海豚前往人間巡禮，卻受困於大海的一張網中，人類男孩則因為試圖救她而落入深海，就此丟掉了性命。

男孩死後的靈魂化為一條拇指大的小魚。為了報恩，也為了讓人類男孩復活，她需要在自己的世界裡歷經種種困難與阻礙，幫助他成長為一條比鯨更巨大的魚，就此回歸大海。電影取材自〈莊子：逍遙遊〉、〈山海經〉、〈搜神記〉等中國古籍，並融合了「女媧補天」等神話元素，從中述說出一個屬於中國人的奇幻故事。