明憲宗年間，宦官亂政，俠客趙懷安成功營救忠良，將東廠督主一劍斃命。西廠督主雨化田為之震怒，頒佈天下格殺令，引得各路好漢再聚龍門客棧。地下密道蜿蜒，地上各方勢力齊聚，暗夜裡客棧樑柱間，耳語與人影交錯，宮廷陰謀、江湖情仇，時代的風沙襲來，但見龍門客棧飄搖門板一開，英雄豪傑，老地方見。

延續一九九二年《新龍門客棧》情節重新開張，以客棧作為江湖縮影，小空間裡人際關係交錯，善惡難辨，快節奏武打結合強力視覺特效，《龍門飛甲》再掀華語3D 武俠電影熱潮。

「這是一段前緣未了的愛情，展現一場宿命對決的死戰，在角色設定上是全新的人物故事，但隨著劇情推演，我們將會看到和之前作品相互牽扯的部分，這是留給觀眾做為最大的驚喜。」——徐克