平行世界中，日本分裂南北，北海道聳立導致世界崩壞的神祕巨塔。少年浩紀與好友拓也夢想駕駛「維席拉」飛越海峽，更與同班少女佐由理約定同行，未料佐由理失蹤，飛行計畫猝然放棄；三年後，浩紀才發現佐由理昏睡三年，重燃愛火的他深深相信，只要載著佐由理飛到「雲之彼端，約定的地方」，她將再度甦醒。

導演新海誠作品元素深受各色動漫題材影響，《雲之彼端，約定的地方》更延續《星之聲》龐雜交錯的敘事結合科幻資訊，同樣是世界末日來臨前，不變的是一貫細膩的詩意光影，以及刻骨銘心的遺憾愛情主題，看似平淡的隻字片語、生活點滴，都在天門配樂中化為極具煽動力的幸福浪漫。